Il Parco Sommerso di Baia è stato istituito il 7 Agosto del 2002, con Decreto Interministeriale, dal Ministro dell'Ambiente e della Tutela del Territorio di concerto con il Ministro per i Beni e le Attività Culturali, il Ministro delle Infrastrutture e dei Trasporti, il Ministro delle Politiche agricole e Forestali e d'intesa con la Regione Campania. Il parco si inserisce nel quadro delle 25 aree Marine Protette (AMP) attualmente istituite in Italia.

L'AMP si propone di tutelare il patrimonio ambientale ed archeologico del tratto di mare antistante la zona di Baia (nella baia di Pozzuoli) ed interessato dal fenomeno vulcanico del bradisismo flegreo, promuovendo allo stesso tempo lo sviluppo socio-economico e la conoscenza sistematica dell'area, attraverso programmi di studio e di ricerca scientifica multidisciplinari.

L'AMP si estende per 176.6 ettari, con un perimetro costiero di 3.7 Km, e comprende lo specchio d'acqua tra la testata del molo di limite meridionale del porto di Baia (molo OMLIN) e la testata del molo del Lido Augusto (POZZUOLI) fino ad una profondità di circa 16 m.

Il Decreto Interministeriale istitutivo individua nell'AMP tre zone con differente regime di tutela: una zona A di 20.7 ettari, a protezione integrale, antistante Punta Epitaffio; una Zona B di 25.3 ettari, a protezione generale, che comprende il tratto di mare tra il molo del Lido Augusto e il pennello a terra di Lido Montenuovo; ed una Zona C, a protezione parziale, che include il residuo tratto di mare all'interno del perimetro dell'AMP.

L'AMP interessa i comuni di Bacoli e di Pozzuoli ed è provvisoriamente gestita dalla Soprintendenza per i Beni Archeologici delle province di Napoli e Caserta. Le attività di sorveglianza sono svolte dalla Capitaneria di Porto competente e dai Carabinieri del Nucleo per la tutela dei Beni Archeologici.

L'AMP di Baia ricade nell'area dei Campi Flegrei, una zona ad intensa attività vulcanica, come suggerisce lo stesso nome che significa “ardente”.

Il vulcanismo si manifesta sotto forma di eventi sismici, sorgenti termominerali, fumarole, ma soprattutto bradisismo, lento movimento (ascendente o discendente) della crosta terrestre dovuto alla risalita e al raffreddamento di masse magmatiche. È stato proprio il bradisismo discendente a determinare, negli ultimi 1500 anni, lo sprofondamento della costa e l'immersione delle strutture costruite in epoca romana lungo il litorale.

L'antica città di Baia, infatti era considerata dall'aristocrazia dell'Urbe e dagli stesi imperatori un luogo di villeggiatura privilegiato per l'amenità del paesaggio e per la presenza di acque termali.

In età imperiale la città sorgeva intorno ad un lago (Baianus Lacus) le cui sponde ospitavano lussuose ville e peschiere, come Villa dei Pisoni, riconosciuta tramite una fistola acquaria che riporta il nome del committente, la Villa a Protiro, complesso termale così chiamato per la presenza di un portico antistante l'ingresso, ed infine, ma non da ultimo, Il Ninfeo Imperiale di Punta Epitaffio.

La città sommersa di Baia ha rappresentato il “banco di prova” dell'archeologia subacquea in Italia, non solo sul piano scientifico della ricerca ed applicazione di una metodologia di indagine (per il rilevamento e lo scavo subacqueo), ma anche su quello della tutela, conservazione e valorizzazione, compiti che per la prima volta una Soprintendenza Archeologica (quella di Napoli e Caserta) è stata chiamata ad affrontare in una situazione ambientale di difficile gestione.

Diversi sono stati i provvedimenti di tutela adottati dalla soprintendenza per salvaguardare questo patrimonio archeologico, tra cui: il vincolo archeologico, nel 1987, che poneva il divieto di alterare lo stato dei luoghi nella fascia marina di 500 m tra il porto di Baia e la foce di Lago Patria (al fine di salvaguardare i resti del Portus Iulius); specifiche ordinanze della capitaneria di porto, tra il 1994 ed il 1998, d'interdizione della commercio della pozzolana, di regolamentezione del transito delle motonavi commerciali attraverso il canale romane e di divieto di accesso per quelle aventi pescaggio a pieno carico superiore a 4 m; ed infine la richiesta, nel 2000, di sospensione del traffico commerciale in seguito al grave danneggiamento delle strutture archeologiche sommerse arrecato da un traghetto incagliatosi nel fondale.

Con l'istituzione dell'AMP nel 2002 il sito sommerso ha cominciato ad essere tutelato non solo per la componente archeologica, ma anche per quella biologica. L'ente gestore ha avuto quindi lo strumento idoneo per tutelare e valorizzare l'area in tutti i suoi aspetti sia archeologici, sia naturalistici, sia socio-economici.

L'AMP di Baia, come descritto nel paragrafo precedente, è stata suddivisa in tre zone con diversi gradi di tutela, delimitate in base alle particolarità naturalistiche e archeologiche.

Nella zona A ricadono importanti complessi archeologici, tra cui la Villa dei Pisoni, le terme, strade e taberne, che mostrano ai visitatori il duplice aspetto della società romana nel territorio flegreo: da un lato le lussuose ville di ozio caratterizzate da spazi di ampio respiro e ricche decorazioni, dall'altro la densità edilizia di edifici pubblici e privati che si contendevano i limitati spazi disponibili al centro di una frenetica vita mondana.

Nell'area di riserva generale d in parte di quella parziale (zona B e Zona C) ricade il grande complesso portuale del Portus Julius, nato come porto militare nel 37 a.C.